Симуляция ультрамягкого псевдопотенциала Вандербильта

Принять первый взгляд на этот пакет и ознакомиться с его содержанием, вы можете просмотреть последнюю версию в виде дерева каталогов.

Однако, чтобы использовать данный пакет, вы должны загрузить его, как описано ниже.

Фортран источников для псевдопотенциала поколения

Этот код свободно распространяется под лицензией GNU GPL с общественной лицензии. Вы можете использовать его для собственных исследовательских целях или передавать его другим лицам для аналогичного использования. Однако, обратите внимание на следующие ограничения:

  • Код не гарантирует безглючную.
  • Качество псевдопотенциальных генерируемых входных файлов не гарантируется.
  • Без активной поддержки предоставляется за этот пакет.

В Фортране источников в УСПП пакет начать с выпуска 7.3.3 (успп-733). Предыдущие версии распространялись по электронной почте запрос только; последний из них был «А7.3.2″. Насколько Фортран источники обеспокоены тем, успп-733 является, по существу, функционально эквивалентна А7.3.2 (только очень мелких исправлений и косметических улучшений были сделаны при переходе от А7.3.2 к успп-733).

Основные изменения при переходе от А7.3.2 к успп-733 являются капитальным ремонтом структуру каталогов, файлы makefile, и документация, и добавление библиотеки способствовали псевдопотенциалу.

См. Источник/ридми для резюме усовершенствования, которые были внесены в исходные коды от одного выпуска к другому, в том числе тех, которые привели к самой последней успп-736. Наиболее полная информация об истории выпуск можно найти в заголовочном комментарии, составляющих первые несколько сотен строк основной программы runatom.f.

Псевдопотенциальные Библиотеки

Две библиотеки псевдопотенциала обсуждаются в этом разделе.

Первый-это Гэррити-Беннетт-рабо-Вандербилт (GBRV) Библиотека, которая была разработана в 2013 году Кевин Ф. Гэррити, Джозеф У. Беннетт, Карин М. рабе и Дэвид Вандербильта, как описано в «Псевдопотенциал для высокопроизводительных вычислений ДПФ,» представленные на комп. Матер. ТСМ. (конд-мат 1305.5973). Эта библиотека была разработана и испытана для использования в высокопроизводительных вычислениях, которые требуют точных, всеобъемлющих и вычислительно недорого псевдопотенциала библиотека, и она была испытана во многих склеивания средах.

Второй-это «Наследие Библиотека» из псевдопотенциала, которые были собраны в течение времени, в основном члены Вандербильта группы, и в основном в конце 1990-х и начале 2000-х годов. Эта библиотека является неполным, нерегламентированных, а не последовательно протестированы.

GBRV Библиотека

В GBRV с высокой пропускной способностью псевдопотенциала библиотека предназначена для высокопроизводительных вычислений ДПФ, которые требуют выполнения сотен расчетов, которые не могут быть проверены индивидуально. В частности, в библиотеку является: 1) комплексный, 2) робастно точные, и 3) вычислительно недорого. Мы разработали библиотеку для одного низкой плоской волны отсечки и проверял путем сравнения всех электронов расчеты для различных металлических, ионных и ковалентно-связанные материалы. Мы находим, что GBRV библиотека дает постоянных решетки, объемные модули, и магнитные моменты которых имеют большую общую точность, чем другие комплексные псевдопотенциала библиотек, и при сопоставимой или более низкой вычислительной стоимости.

В то время как оптимизированный для высокопроизводительных вычислений, в псевдопотенциал должна быть подходящей для многих приложений.

Нажмите здесь для официального GBRV Библиотека веб-сайта.

Наследие Библиотека

Данный дистрибутив содержит библиотеку псевдопотенциалов, созданные членами группы или Вандербильт, предоставленную членами более широкого сообщества пользователей. Текущее состояние библиотеки можно охарактеризовать следующим образом.

Щелчок по элементу перенесет вас в каталоге-дерево вид из библиотеки содержимого для этого атома.

Обратите внимание, что то, что размещено не в псевдопотенциала данных сама по себе, но входные файлы, необходимые для генерации псевдопотенциала. Таким образом, для получения даже одной псевдопотенциала данных, Вы должны загрузить и установить пакет и запустить генерацию процедуры для атома интересов. Впрочем, пакет был разработан таким образом, что это легко сделать.

Отказ от ответственности: псевдопотенциал, которые внесли заметный вклад в эту библиотеку предоставляются без каких-либо гарантий, явных или подразумеваемых, относительно их качества или передачи. Пользователи должны взять на себя ответственность за тестирование потенциалов адекватно, прежде чем использовать их в приложениях.

Библиотека принимает форму дерева каталогов по убыванию от основной «работы» каталога. Чтобы просмотреть текущее содержимое библиотеки, перейдите в каталог Work, напрямую или перейдите по HTML-таблицы выше. Высшем уровне подкаталогов с именами вида «022—ти» с указанием атомного номера и химический символ атома в вопрос. Нижестоящих подкаталогов следовать именования структуры обобщены в work/readme-файл.

Генерировать потенциалы, увидеть направления в АА-быстрый—старт. Основная идея в том, чтобы пойти к подкаталоги для всех атомов, которые Вас интересуют и запустить рекомендуемую последовательность «сделать» команды («make; make install; make clean»). Это позволит загрузить псевдопотенциала файл и файл readme в банк/ каталог, который станет активным библиотека потенциалов.

Взносы в библиотеке: пользователи могут отправлять свои входные файлы, чтобы расширить нашу библиотеку доступных потенциалов. Увидеть АА—представлений для получения дополнительных сведений о том, как это сделать. Обратите внимание, что номер версии (в настоящее время 7.3.6) не изменится просто из-за добавления в библиотеку входных файлов. Проверьте дату последнего изменения в рабочий каталог, чтобы увидеть, если у вас установлена последняя версия библиотеки.

Особая благодарность выражается центра атомного масштаба материалов физики (CAMP) в техническом университете Дании, и в частности к Бруно Ларс Хансен, за любезно предоставленную псевдопотенциалов соответствуя многим из них в dacapo рассказал о разнообразных видах Библиотека, которая распространяется как часть пакета dacapo рассказал о разнообразных видах лагеря Открытого программного обеспечения (CAMPOS) проекта. В dacapo рассказал о разнообразных видах Библиотека состоит из двоичных псевдопотенциала данных, сгенерированный с использованием более ранней версии (А7.0.0) генерации кода. Они теперь были заменены на полностью соответствует данная схема и проверяется на совместимость с последней версией (успп-736) кода прежде, чем быть установлен здесь. Эти псевдопотенциалы были достаточно хорошо протестированы; краткое резюме о тестах можно найти в readme файлы здесь, а более подробную информацию и графическую информацию можно найти на на сайте CAMPOS. (В настоящее время, по состоянию на декабрь 2002 года потенциалов, как правило, образуются с PW91 названиями gga обмена-корреляции, но ЛДА версий, будем надеяться, будут сообщены в ближайшее время.)

Загрузки

Каждая из ссылок ниже точки просмоленный-и-архив GZIP архив рассылки, перечисляются в обратном хронологическом порядке. Первая часть названия (например, «uspp-736″) относится к освобождению фортране источников в bin/ директорию. Последняя цифра (например, «-0″) обозначает последовательность обновления на таких вещах, как библиотека псевдопотенциалов, документацию, или make-файлов.

В большинстве систем Unix, вы можете распакуйте архив, выполнив что-то вроде:

gunzip uspp-736-0.tgz

tar xf uspp-736-0.tar

rm uspp-736-0.tar

Приступая к работе

Если вы просто хотите генерировать один или более из псевдопотенциалов, уже включенных в библиотеку, вы должны найти большинство информации Вам параметрам в АА-быстрый-старт, которая объясняет, как скомпилировать и запустить программу для генерации псевдопотенциала из библиотеки файлов параметров.

Если вы более амбициозны и хотели бы изменить существующий псевдопотенциала или создать совершенно новую, см. документ/учебник.

Обратите внимание, что по умолчанию псевдопотенциала генерируется как неформатированные двоичные данные файла, как описано в документ/Формат. При необходимости оно может быть преобразовано в отформатированном виде с помощью служебная программа reform.F в директорию утилиты.

Документация

Следующие файлы могут иметь некоторую помощь в получении ориентированных:

  • АА-быстрый старт: Краткое направлений для компиляции и запуска программы для генерации потенциалов в библиотеке.
  • Док/урок: если вы хотите сгенерировать новый псевдопотенциала вашего собственного, это место, чтобы посмотреть. Это может также помочь вам оценить качество существующего потенциала в библиотеку, дав несколько советов о том, что искать в выходной файл.
  • Док/INPUT_AE: Описание структуры входного файла для предварительно все-электронов бежит.
  • Док/INPUT_GEN: Описание структуры входного файла для псевдопотенциала поколение работает.
  • Док/Формат: Описание структура выходного файла и направления конвертирования в отформатированном виде.
  • utils/read_uspp.f: образец программа дает краткое резюме псевдопотенциала файловую структуру.
  • Source/runatom.f: это главная программа на фортране. Существует некоторая внутренняя документация в исходном коде.

В литературе ссылки на ультрамягкой псевдопотенциалов первую очередь эти:

  • Дэвид Вандербильта, `мягкий самосогласованного Псевдопотенциал в обобщенной задачи на собственные значения формализм,» Уфн. Откр. Б 41 (Быстрое Общение), 7892 (1990). (журнал копия, локальная копия)
  • Кари Лаасонен, Роберто Карс, Чангйол Ли, и Дэвид Вандербильта, `реализация Ультра-мягкий псевдопотенциал в AB-initio расчетов молекулярной динамики / / успехи физ. наук. Откр. Б 43 (Быстрое Общение), 6796 (1991). (журнал копия, локальная копия)
  • Кари Лаасонен, Альфредо Паскуарало, Чангйол ли, Роберто Карс, и Дэвид Вандербильта, `машина-Парринелло молекулярной динамики с Вандербильта в Ультрамягкой Псевдопотенциала,» Уфн. Откр. Б 47, 10142 (1993). (журнал копия, локальная копия)

Сообщество пользователей

Мне известны следующие открытые исходные коды, которые могут воспользоваться ультрамягкой псевдопотенциал порожденные этот пакет:

Dacapo.

Dacapo рассказал о разнообразных видах представляет собой часть Открытого программного обеспечения лагерь (CAMPOS) проект центра атомного масштаба материалов физики (CAMP) в техническом университете Дании. Это всего-энергетические программы, основанные на теории функционала плотности с использованием плоских волн основе и Вандербильт ультрамягкой псевдопотенциал. Программа выполняет самосогласованных расчетов для обоих приближении локальной плотности (lda) и обобщенного Градиентного приближения различных (названиями gga) обмена-корреляции потенциалов. Он может выполнять молекулярной динамики и структурной релаксации и может быть скомпилирован для seriel, а также параллельное выполнение на многих аппаратных платформах.

В dacapo рассказал о разнообразных видах распределения содержит библиотеку ультрамягкой псевдопотенциалов охватывающих большую часть периодической таблицы, сгенерированные с помощью более ранней версии А7.0.0 этого пакета. Однако dacapo рассказал о разнообразных видах Библиотека специализируется на предоставлении псевдопотенциалов сами в двоичной форме, нежели генерация входных файлов. Последний предлагаемый здесь для многих элементов в dacapo рассказал о разнообразных видах библиотека. Для получения дополнительной информации, см. выше.

PWSCF.

PWSCF (самолет-волна самосогласованного поля) — это набор программ для расчетов электронной структуры в пределах плотность-функциональной теории и плотность-функциональной теории возмущений, используя самолет-волнового базиса. Первичный авторы С. Барони, С. де Гиронколи, А. Даль Корсо, и П. Гианоззи. Он поддерживает несколько вкусов норма-сохранение псевдопотенциалов и две разновидности ультрамягкой (см. здесь; «модуль» указывает на совместимость с нынешнего пакета, в то время как «RRKJ3″ — это другой формат). Хотя в более ранних версиях этот код пакет, имеет некоторые ограничения, какие особенности может использоваться с ультрамягкой потенциалы, эти ограничения имеют сейчас в основном уже удалены, за исключением, что вычисления третьего порядка производных по-прежнему несовместимы с ультрамягкой потенциалов.

JDFTx.

JDFTx является плоскость—волна функционала плотности кода, реализующего совместное теории функционала плотности [С. А. Петросян, А. А. Ригос и т. А. Ариас, Дж физ. химии Б. 109, 15436 (2005)], который обеспечивает особенно подходящую основу для AB initio расчеты в электрохимических контекстах, например, электронные системы в контакте с жидкими средами.

Процедуры преобразования были разработаны для:

ABINIT.

Abinit была пересмотрена с целью реализации прогнозируемых дополненной волна (лапу) описания атомов (которая может, грубо говоря, рассматриваться как «псевдопотенциалы«). Модуль с названием «USpp2Abinit» позволяет строительство лапу потенциал с ультрамягкой псевдопотенциала сгенерированный код УСПП. Abinit версии 4.2.1 и выше, будет иметь эту возможность. Для получения дополнительной информации см.

  • «USpp2Abinit» служебная инструкция.
  • «USpp2Abinit» утилиты скачать.
  • Построен лапу потенциалов.

Кроме того, следующие несвободные пакеты также совместимы:

CPMD.

В CPMD код плоскости—волна псевдопотенциала осуществления плотность—функциональной теории, в частности, предназначены для AB—initio расчетов молекулярной динамики. Ее первая версия была разработана в IBM в Цюрихе Юрг Хуттер-исследовательской лаборатории начиная от оригинального автомобиля—Парринелло коды. Текущая версия 3.5 охраняется авторским правом совместными усилиями корпорации IBM и Института Макса планка, Штутгарт, и распространяется на бесплатной основе для некоммерческих организаций. Я поддерживает как норма—сохранение и ультрамягкой pseudopotentials.

CASTEP.

Коммерческое программное обеспечение доступно от Accelrys (ранее молекулярного моделирования МСО). Общего назначения, сопряженных наклонной плоскости-волна псевдопотенциала код. Включает свою собственную библиотеку успп-73X-совместимый ультрамягкой pseudopotentials.

CUPS.

«CUPS» (Конъюгат-Ультрамягкая градиента Псевдопотенциала) пакет был разработан в группе Д. Вандербильта в начале 1990-х годов и использовался на протяжении многих лет, некоторые члены группы Вандербилта и ряда сотрудников. Это всего-энергией и силой специализированные программы для эффективного использования ультрамягкой pseudopotentials и для нанесения на изоляторы. Текущее последней Генеральной релиз cusp5.6.1. Контакт dhv@physics.rutgers.edu для получения более подробной информации или для получения сведений о доступе.

Этот код используется в настоящее время группой р. автомобиль в Принстонском университете. В дополнение к норма—сохранение pseudopotentials, он поддерживает ультрамягкой потенциалы, порожденные настоящей пакет, или те из «RRKJ3» форма упоминается в связи с PWSCF выше. Он может быть загружен с http://www.democritos.it/scientific.php.

Другой известный Проприетарный код, который использует ультрамягкой потенциалов пакета vasp. Однако, ПДУ использует ультрамягкой потенциалов генерируется с использованием несколько иной схеме с одним реализованы здесь. Таким образом, псевдопотенциалы взяты из библиотеки распространяются в рамках ПДУ не могут быть импортированы в приведенном выше коде пакетов, и наоборот.